口蹄疫病毒OT株的全基因组序列测定及比较分析

摘要：

【摘要】参考GenBank上已发表的口蹄疫病毒(FMDV)全长基因组序列,设计了覆盖基因组全长的数对引物,通过RT-PCR方法对口蹄疫病毒OT株进行分段克隆及序列测定。结果表明不含poly(C)序列的OT株基因组全序列长8 142nt,开放读码框(ORF)长6 969nt、编码2 322aa,5′UTR长1 004nt,3′UTR长93nt,3′UTR之后为23nt的poly(A)尾巴。应用分子生物学软件将OT株与FMDV其它参考毒株进行序列比对,并对其基因特征进行分析。结果显示,OT株的假结节(Pseudoknots)从第415—499位连续缺失85nt,但是其3A基因却未发生碱基的缺失。其VP1基因的核苷酸同源性与O/Akesu58、OMⅢ两株最高,但OT株在进化时间上要比O/Akesu58、OMIII早很多,其毒株起源和遗传衍化关系还需要进一步的关注。
【关键词】口蹄疫病毒；全基因组；编码区；分子生物学特性；序列比对；

引言：

【引言】口蹄疫（Ｆｏｏｔ－ａｎｄ－Ｍｏｕｔｈ　ｄｉｓｅａｓｅ，ＦＭＤ）是由口蹄疫病毒（Ｆｏｏｔ－ａｎｄ－Ｍｏｕｔｈ　ｄｉｓｅａｓｅ　ｖｉｒｕｓ，ＦＭＤＶ）引起偶蹄动物的一种急性、热性、高度接触性传染病，主要感染牛、羊、猪等家畜和野生动物，并且在动物及动物产品贸易中造成严重的经济损失。世界动物卫生组织（ＯＩＥ）一直将其列为必须报告疫病，我国将其列为一类传染病。根据动物交叉保护和血清学试验，ＦＭＤＶ可分为Ｏ、Ａ、Ｃ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、ＳＡＴ３和Ａｓｉａ　１型共７种血清型，并且型间无交叉反应性，这７个血清型的口蹄疫病毒在长期感染动物的过程中，产生了许多变异毒株，目前已有６５个亚型。而根据ＶＰ１核苷酸序列同源性，国际上又将Ｏ型ＦＭＤＶ分为欧洲－南美洲型（Ｅｕｒｏ－ＳＡ）、中东－南亚型（ＭＥ－ＳＡ）或泛亚型（ＰａｎＡｓｉａ）、东南亚型（ＳＥＡ）、古典中国型（Ｃａｔｈａｙ）、西非型（ＷＡ）、东非型（ＥＡ）、印度尼西亚１型（ＩＳＡ－１）和印度尼西亚２型（ＩＳＡ－２）共８种拓扑型。

作者：

吕占禄；王光祥；尚佑军；刘湘涛

作者单位：

中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室农业部畜禽病毒病重点开放实验室国家口蹄疫参考实验室；